Surge con la primera Constitución Federal de los Estados Unidos Mexicanos, promulgada en 1824, que en sus artículos 32 y 161 fracción VIII, respectivamente señalaban como obligación de los estados “...remitir anualmente a cada una de las Cámaras del Congreso General, nota circunstanciada y comprensiva de los ingresos y egresos de todas las tesorerías que haya en sus respectivos distritos, con relación del origen de unos y otros, del estado en que se hallen los ramos de industria agrícola, mercantil y fabril...” Una vez que Chiapas por voluntad propia, se incorpora a la República Mexicana, en 1826 durante el período del primer Gobernador del Estado Don Manuel José de Rojas, se emite la primera Constitución del Estado de Chiapas, que en su artículo 38 fracción IV confiere como atribución del Congreso “aprobar o reprobar las cuentas de todos los caudales públicos del Estado...”

Se crea como parte de la Secretaría de Gobierno, la Sección de Glosa de Cuenta de Gastos, para vigilar el gasto público en todos los ramos administrativos, misma que desaparece el 18 de Julio de 1877, al ser declarada por la IX Legislatura Local su creación contraria a derecho.

En su artículo 36 señalaba: “En la Secretaría del Congreso habrá una sección de glosa para el examen de las cuentas de los caudales públicos del Estado en todos sus ramos. Dependerá exclusivamente del Congreso y en su receso de la diputación permanente”. El 29 de Abril de 1897, se emite la Ley Orgánica de la citada Contaduría Mayor de Glosa.

Desaparece la Contaduría Mayor de Glosa, constituyendo la Contaduría General de Glosa, incorporando como atribuciones del Congreso en el artículo 33 las de: Nombrar y remover al Contador General de Glosa; examinar la cuenta que anualmente le presenten el Ejecutivo y los Ayuntamientos, debiendo comprender dicho examen no sólo la conformidad de las partidas gastadas, según el Presupuesto de Egresos, sino también la exactitud y la justificación de ellas.

estableciéndose que la Contaduría Mayor de Glosa, para aprobar las cuentas y extender los finiquitos de las Tesorerías Municipales, debía pedir autorización y aprobación del H. Congreso del Estado.

y la Ley Orgánica de la Contaduría Mayor de Hacienda del H. Congreso del Estado de Chiapas, así como el Reglamento Interior del propio Congreso; destacándose en el primer ordenamiento el artículo 16 fracción XXXIII que confiere al Congreso una nueva atribución: “Recibir de la Contaduría Mayor de Hacienda las comprobaciones del gasto público y, en su caso, realizar las auditorías que estime necesarias a los Órganos de Gobierno del Estado, de los Municipios y de las Instituciones que reciban subsidios estatal o municipal”

La LX Legislatura mediante el Decreto número 235 reforma la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Chiapas desapareciendo la Contaduría Mayor de Hacienda, para crear el Órgano de Fiscalización Superior del Estado de Chiapas; dos son los aspectos mas relevantes de esta reforma: La incorporación del Poder Judicial y del mismo Legislativo como sujetos de fiscalización, así como los Organismos Autónomos; y que la fiscalización no se limitará a una revisión de los ingresos y egresos, sino que incluirá la fiscalización del cumplimiento de los programas y funciones gubernamentales. Con ello se logra gran avance en materia de fiscalización. Derivado de la reforma antes mencionada, el 25 de Octubre del mismo año, se emite el Decreto 236, por el que se crea la Ley de Fiscalización Superior del Estado de Chiapas, para regular la organización y atribuciones del Órgano de Fiscalización Superior del Estado de Chiapas. Se destaca que si bien en dicha ley, ya se establecía que éste tenía autonomía técnica, presupuestal y de gestión en el ejercicio de sus atribuciones, el H. Congreso del Estado por conducto de la Comisión de Vigilancia se encargaría de coordinar y evaluar su funcionamiento. En consecuencia, el 13 de Noviembre de ese mismo año, mediante Decreto número 269 se publica el Reglamento Interior de la Auditoría Superior del Estado de Chiapas. El 21 de Noviembre de 2001, Diputados de la LXI Legislatura promovieron acción de inconstitucionalidad ante la Suprema Corte de Justicia de la Nación, entre otros, en contra del Decreto por el que fue expedida la Ley de Fiscalización Superior del Estado de Chiapas, resultando de dicha acción legal, que el 22 de Abril de 2003, se declarara la invalidez de los decretos 235, 236, 237 y 238 publicados el 23 y 25 de Octubre de 2001, disponiendo que Congreso Local, debía reponer el procedimiento constitucional y legislativo a fin de que, en libertad de su soberanía, realizara las adecuaciones constitucionales y legales conducentes. Derivado de lo anterior, mediante Decreto número 207 publicado en el Periódico Oficial del Estado de fecha 18 de Agosto de 2003, se emite la Ley de Fiscalización Superior del Estado de Chiapas. Posteriormente el 11 de Febrero de 2004, se expidió el Reglamento Interior de la Auditoría Superior del Estado de Chiapas, publicado en el Periódico Oficial número 220 de la fecha referida, el cual precisa la estructura, atribuciones y facultades del Órgano de Fiscalización Superior del Congreso del Estado.

Por el que se reforman y adicionan diversos artículos de la Ley de Fiscalización Superior del Estado de Chiapas, fortaleciendo con ello las atribuciones del Órgano de Fiscalización Superior del Congreso del Estado. El 14 de Julio del año citado se expide el Reglamento Interior de la Institución. Finalmente el 27 de Octubre de 2010, la LXIII Legislatura Local, a iniciativa del Ejecutivo del Estado, emitió el Decreto 382, por el que se reforman y adicionan diversas disposiciones de la Constitución Política Local, entre ellos los artículos 30, 71, y 72, con esta reforma se otorga al Órgano de Fiscalización Superior del Congreso del Estado, plena autonomía técnica y de gestión en el ejercicio de sus atribuciones y para decidir sobre su organización interna, funcionamiento y resoluciones, constituyéndose, como una institución moderna y a la vanguardia en materia de fiscalización superior, garantizando con ello la transparencia y rendición de cuentas en beneficio de la sociedad.